胃腸鏡檢查消化道內的疾病，如胃鏡檢查咽部疾病或食管、腸胃、十二指腸疾病，大腸鏡檢查大腸，小腸鏡檢查小腸。胃腸鏡主要檢查炎癥性疾病、腫瘤性疾病、結構異常、先天性缺陷或異于常人的地方。 消化道有不良表現的病人，經醫生判斷均可進行檢查，甚至其它系統疾病與消化道疾病鑒別時也可胃鏡檢查。胃腸鏡不僅是檢查，還可做出血、止血治療、摘除胃腸息肉、進行胃腸腫瘤活檢，甚至早期腫瘤也可在內鏡下處理。若腸道腫瘤堵塞可通過胃鏡放置支架，便于進行外科手術。