川崎病能否根治，取決于川崎病有無合并嚴重心血管并發癥，大部分患兒預后良好，不會遺留嚴重并發癥。但極少部分患兒，早期炎癥反應劇烈，合并嚴重冠狀動脈病變，可能遺留嚴重心血管后遺癥，需要密切隨訪、追蹤和觀察。川崎病合并冠狀動脈病病變，已經成為兒童獲得性心臟病最主要的原因，所以合并嚴重的冠狀動脈病變，可能需要短時間或長期服藥，進行根治。如果早期病情比較輕，沒有嚴重的心血管并發癥，經過三個月的系統化治療，患兒可以達到臨床治愈，不需要服藥，但是建議進行心血管內科門診的專業隨診和觀察。如果孩子合并嚴重的心血管并發癥，比如冠狀動脈瘤樣擴張或合并心肌缺血，甚至出現缺血性心臟病、心力衰竭，可能要在專業心血管內科醫生的指導下進行長期隨訪、觀察，定期來門診進行復診，同時可能要規律服用抗血小板、營養心肌、對癥支持藥物治療。