川崎病主要是一個血管的炎性病變，具有自限的傾向。如果小孩得到及時治療，多數小孩的生命不會受到威脅，而且預后相對較好。只有1%-3%的小孩在治愈之后可能會出現復發的情況。川崎病最主要的損傷是對冠狀動脈的影響。如果小孩長時間發熱未得到確診或治療后反復發作，可能會導致冠狀動脈瘤的形成。這容易引發小孩心肌壞死、心律不齊等嚴重的心臟損傷，有可能發生猝死，但這種情況相對罕見且發病率不高。目前川崎病的治療手法相對比較成熟，可以采用免疫球蛋白治療、激素治療或使用抗凝藥物，這樣冠狀動脈瘤的發生率也能明顯降低。小孩的疾病狀態都能得到良好的控制。因此，一旦診斷為川崎病，應積極治療，控制冠狀動脈瘤的形成和凝血狀態，以減少可能的心臟猝死。大部分患有川崎病的小孩都能正常存活，由川崎病引起的大量猝死情況很罕見。