如果腦膜炎僅為頭疼、發熱，沒有引起明顯神經系統損傷后遺癥，恢復較好。但是對于嚴重腦膜炎，有可能會引起高級認知功能改變，導致偏癱、失語、感覺障礙，甚至出現癱瘓、截癱，恢復較為困難。 所以對于后遺癥，需短期之內控制病情。如果出現肢體癱瘓問題，可能要康復鍛煉，恢復程度和康復時間、本身機體恢復情況相關。如果出現高級認知功能問題，需要進行晤談，減輕患者對社會的認知障礙問題。所以后遺癥的處理較為困難，具體情況需要具體分析。