腦膜炎治療不徹底，會導致一些并發癥和后遺癥打的出現。常見的是腦室管膜炎、腦積水、硬膜下積膿、硬膜下積液等。腦膜炎晚期影響到腦膜下的腦實質，腦皮層損傷以后會出現軟化灶、腦膿腫，容易繼發癲癇。化膿性腦膜炎繼發腦積水、腦室管膜炎，在三個月之內還有再通的可能性。如果腦膜炎損傷到腦皮層，影響到了運動皮層區，還容易出現一些運動障礙，通過積極康復訓練，多數可以恢復。