嬰兒反復發燒原因較多，常見原因如下：一、感染性疾病：1、泌尿系統感染：還用到抗生素的康復療程，會引起反復發燒，或者選擇的藥物對細菌不敏感，也會引起反復發燒；2、化膿性扁桃體炎：治療時間不足，膿腫尚未消散，細菌仍在繁殖，也會引起反復發燒，因為感染沒有得到控制。二、非感染性因素：1、川崎病：嬰兒時期是川崎病的高發期，如果按照感染性疾病給予抗生素等治療，則不會被治愈，因為屬于血管炎疾病，需要給予丙種球蛋白、免疫球蛋白、阿司匹林等進行抗炎治療，才能治療反復發燒；2、幼年型類風濕性關節炎：屬于自身免疫性疾病，需要腎臟皮質激素，或者生物制劑才能控制反復發燒；3、其他疾病：如白血病、淋巴瘤等血液、腫瘤疾病，由于腫瘤破壞，細胞壞死、增生后，也會引起反復發燒。