乙肝抗病毒的藥物大概分為兩類，一個是直接的抗病毒藥物，包括核苷(酸)類似物與核苷類似物，目前一線的藥物有恩替卡韋和替諾福韋。還有一個是干擾素，副作用相比前者較大。這些藥物或多或少會有一些副作用，具體如下：一、直接的抗病毒藥物副作用：1、肌肉損傷：比如骨骼肌的受損，患者可以出現肌酶的上升、CK的上升、乳酸脫氫酶的升高；2、其他：部分患者可出現潛在腎損傷，或者早期可以出現蛋白尿，部分患者可以出現腎小管損傷的癥狀，出現糖尿、氨基酸尿，有時生化檢查可以出現鈣和磷比值的失調。二、干擾素類藥物副作用：1、發熱：干擾素常見的不良反應或副作用，先是會出現發熱，常在打干擾素的前三針患者出現高熱，體溫達到38℃，甚至39℃以上；2、血液系統問題：患者可以出現白細胞下降、血小板減少；3、甲狀腺受損：出現甲亢或甲減；4、其他：可誘發自身免疫病，較嚴重時會誘發紅斑狼瘡。