牙齒錯位危害較多，可能影響發育，即影響健康，如反(牙合)畸形。正常上頜牙包括下頜牙，上牙在前邊，而反(牙合)畸形是下頜牙反咬在上頜牙的前面，此時會限制上頜牙齒向前發育，也限制上頜骨向前發育，會造成骨性下頜前突，影響上頜骨發育，形成地包天臉型，此為限制發育。另外，牙齒錯位不易清潔，較難通過刷牙將臟東西清出。如果患者牙齒錯位清潔不佳，可能形成牙齦炎癥、牙周炎癥、齲壞，即臟東西較長時間聚集形成齲壞的因素。此外，小頜畸形，小下巴畸形的患者會出現合并癥，即呼吸睡眠暫停綜合癥。當孩子出現暫停時血氧飽和度會降低，影響孩子整體發育及智力。