房間隔缺損屬于多基因遺傳而非單基因遺傳疾病，在先天性心臟病中較為常見且女性與男性比例大致為1.7:1。先天性心臟病發病與遺傳、母體和環境因素有關，遺傳因素包括單基因遺傳缺陷如Holt-Oram，也包括染色體畸變如唐氏綜合征等。但多數先天性心臟病還是屬于多基因遺傳缺陷，即多種因素造成的疾病。其中母體因素主要包括感染和疾病，胎兒心臟發育期即早期妊娠3個月左右時，如果母親出現風疹、發熱、上呼吸道感染等病毒感染，會導致胎兒心臟房間隔發育異常。若母親早孕期間接觸大劑量射線或服用藥物，也可能造成胎兒畸形包括心臟發育畸形，對于高齡產婦或母親有糖尿病等代謝疾病的情況，也會發生房間隔缺損。