做完咽拭子后喉嚨疼痛為異常現象，通常不會引起疼痛。當咽喉出現疼痛時，通常由于炎癥引起，比如急性咽喉炎，患者會出現咽喉疼痛，尤其是吞咽時疼痛明顯。部分患者可能會伴有發燒、咳嗽等癥狀。當患者出現上述癥狀后，通常需給予抗炎治療，比如抗生素包括頭孢類或者阿奇霉素類藥物進行口服，局部可給予治療咽喉炎的中成藥、含片以及漱口水進行治療。通常經過1周左右治療，炎癥可得到控制，咽喉疼痛可得到緩解。此外，患者做完咽拭子后，咽喉如果出現疼痛，可能是做咽拭子時操作比較粗暴，引起咽喉外傷，而出現疼痛。此時可檢查咽喉，如果有黏膜損傷，可以用漱口水或含片進行治療。觀察幾天后，患者癥狀通常會緩解、痊愈。