咽拭子和鼻咽拭子的工具一樣，只是采集部位不同。咽拭子是口咽部，患者張口后看到小舌頭和扁桃體，再拿咽拭子在口咽部旋轉兩圈即可完成，比較簡單和快捷。鼻咽拭子相對麻煩，需從鼻子進去，部分患者鼻腔較狹窄，會有些疼痛，因此多數用口咽拭子。但鼻咽拭子相對更準確，前提是做到位置，將其置于鼻咽部，部分患者有鼻中隔偏曲或者因為怕疼，醫生沒有放到最里面的鼻咽部，就在鼻腔里，這樣取得的位置不到，病毒可能沒有取到，會出現假陰性的情況。咽拭子和鼻咽拭子都是檢測新型冠狀病毒的有效檢查手段，其中咽拭子因為便捷且痛苦較小，多數醫生都嘗試該方法。而鼻咽拭子的適用范圍較小，但是其準確性相對更高。