治療角膜炎的眼藥水有很多種類，所以不同角膜炎需要采取不同的眼藥水。舉個例子，如果眼睛紅2-3天，角膜上發炎，通過微生物診斷是細菌性角膜炎，要用抗細菌為主的眼藥水。如果病人患有全身疾病、風濕性關節炎、免疫性疾病，并且常年患病，隨著機體抵抗力下降，也會導致角膜炎的發生，這樣的疾病考慮免疫性角膜炎。如果確定是免疫性的角膜炎，局部可用抗免疫性的免疫抑制劑、抗炎藥物，同時治療全身疾病。還有一種比較常見的是單純皰疹性角膜炎，也會反復發作，是病毒復發引起的角膜炎。該疾病建議局部點滴抗病毒的眼藥水，全身建議吃抗病毒的藥物，同時加強鍛煉，提高全身抵抗力。