咽喉結石大部分位于扁桃體隱窩內，隱窩內結石越來越多時，沒有生長空間會從外面直接掉下來。由于扁桃體慢性炎癥分泌物導致結石，扁桃體是蜂窩狀結構，結石產生后，如果再有新結石產生，會和原來的結石形成整體。當結石越長越大，吃飯時刮下或咳嗽時震下，都可能出現結石脫落。結石較多說明慢性扁桃體炎癥比較嚴重，結石比較多時容易產生口臭。如果扁桃體經常有慢性炎癥或扁桃體經常發炎，尤其是扁桃體1年反復炎癥發作超過3-5次，建議切除扁桃體。如果不切除，慢性扁桃體炎不發病時也有細菌隱藏在扁桃體隱窩內，甚至產生免疫復合物入血，免疫復合物會沉積在腎臟及心臟，容易引起腎炎和心肌炎。