肛瘺手術后的疼痛時間，與肛瘺的手術方式、本身的復雜程度、傷口局部感染程度等密切相關。由于肛瘺是慢性炎癥性疾病，單純應用藥物較難將肛瘺治愈，多數需進行手術切除。具體恢復時間如下：1、低位肛瘺：手術恢復時間大約需要10-14天。傳統手術方式是掛線療法，如果肛瘺相對簡單且為低位肛瘺，手術時間較短，一般恢復時間明顯小于高位肛瘺；2、高位肛瘺：如位于齒狀線以上的肛瘺，其術后恢復時間會明顯延長，有時甚至需3-4周，局部疼痛等瘺管癥狀才會逐漸好轉。