肛瘺手術至少需要2-4周的時間愈合，因為肛瘺手術主要是把肛門的內口、外口都切除，形成一個V字的傷口。傷口不能縫合，傷口如果縫合，皮膚會從外部長上，內部無法融合，可能形成新的肛瘺。所以肛瘺手術傷口多半是敞開的，頭兩天要用油紗布填塞，防止出血。兩天以后沒有出血情況，可以采用鹽水紗布填塞，把兩邊的皮膚隔開，避免皮膚從外邊進行融合。肛瘺手術一周以后，可以自己在家里換藥，進行坐盆洗浴，每天把分泌物洗干凈，然后填塞一塊紗布隔開皮膚即可。當內部肉芽慢慢長到皮膚以后，促進皮膚的愈合，達到肛瘺的治療目的，所以肛瘺手術比較簡單，但愈合比較慢。