超過5-6cm的卵巢囊腫，多數需要進行手術治療。較小的囊腫不是都不需要手術治療，如果證實為腫瘤，懷疑惡性腫瘤時，部分2-3cm的卵巢囊腫需要進行手術治療，如60-70歲的婦女，如果有2-3cm以上的囊腫，持續不消失，通常需要進行手術治療。如果為年輕女性，可能為生理性囊腫，如果大小在5cm以下，部分可以進行觀察，有惡性證據時才建議患者進行手術治療。育齡女性囊腫較小時不建議進行手術，通常是由于在進行手術時，卵巢皮被剖開，將囊腫取出，但剖的過程會損傷正常卵巢。如果年輕、有生育要求的患者，損傷卵巢，可能會影響將來的懷孕，甚至造成粘連等不必要的傷害，因此較小的囊腫不一定非要進行手術治療。小的畸胎瘤2-3cm，有時可不進行手術治療，或推遲一段時間，等腫瘤長到稍微大一點時，再進行手術治療。患者進行2次以上B超檢查，確診囊腫大小在2-3cm，可進行手術治療。