如果發現了卵巢囊腫，在除外生理性囊腫的情況下，確認是病理性囊腫，建議手術切除，因為其危害比較大。相當一部分人的卵巢囊腫有惡變幾率，有人統計過，如巧克力囊腫，得卵巢癌的幾率是正常人的9倍，而且其惡變是變成一個特別惡性的透明細胞癌。卵巢囊腫包括上皮性，其中漿液性、黏液性，都有可能變成交界或者是惡性，危害比較大。此外，還有生殖細胞來源的，如畸胎瘤，這些囊腫可能其危害相對小，惡變的幾率較小。但是畸胎瘤長到中等大小，一般是一側沉一側輕，還有可能會導致扭轉。如果扭轉，會帶著這側卵巢，形成劇烈腹痛，如果處理不及時，還有可能壞死在肚子里，此時危害就更大。有可能會喪失一個卵巢，如果雙側都有囊腫，還會喪失卵巢的生育功能、內分泌功能。因此，卵巢囊腫的危害比較大，臨床一般建議積極處理。