電子結腸鏡檢查遵循的原則是循腔進鏡，在檢查的過程中隨著患者年齡不同以及配合程度，或者整體的結腸長度不同，檢查時間也有所不同。熟練的內窺鏡操作醫(yī)生，如果為常規(guī)的單人操作，基本5-10分鐘左右就可以完成，遇到特別疑難或者結腸形態(tài)結構不好甚至于體胖、結腸長的病人，時間會相對延長。通過體位的改變，做結腸鏡過程中大夫的手法，最長也不會超過20分鐘的檢查時間。在這期間，患者基本沒有特殊痛苦性，充氣量比較多時，可以通過排氣減少患者腸道氣體擴張的痛苦。