肺結核的治療分為鞏固期和強化期。初治活動性肺結核的總療程是6個月，強化期是4種藥物聯合應用2個月，鞏固期是2種藥物聯合應用4個月。對于粟粒性肺結核和結核性胸膜炎，一般需延長療程，總療程可能會達到9-12個月。 強化期是指4種藥物聯合，目的是盡快地殺滅繁殖期的結核分枝桿菌，迅速降低菌量，縮短傳染期，避免或減少繼發性耐藥的發生。 鞏固期的治療目的是殺死病灶中殘留的少數代謝低下或半靜止狀態的結核分枝桿菌，這部分菌比較頑固，需更長的時間來進行治療。