睡醒覺后腦袋疼有多種原因，具體如下：一、原發性頭疼：如偏頭疼、緊張性頭疼、叢集性頭疼，均可以出現醒后頭疼的癥狀；二、繼發性頭疼：1、全身器質性疾病，如發燒醒后會出現頭疼，高血壓患者晨峰血壓時也會引起頭疼。2、顱內脈器質性疾病，如顱腦出血、蛛網膜下腔出血、硬膜下血腫、頭顱外傷，顱內炎癥如腦炎、腦膜炎，或者顱內腫瘤、硬腦膜損傷，靜脈竇的血栓形成等疾病，均可表現為睡醒后頭疼。任何頭疼均需要排除繼發性頭疼，再考慮原發性頭疼，并且根據病因給予止疼治療。