腎結石在腎盂腔內存在的時候，如果沒有形成明顯的梗阻，患者不會有任何的不適，多數腎結石患者沒有癥狀，只是偶爾會產生腰部的鈍痛不適，如果患者出現了結石梗阻，就會出現不適、疼痛加重。如果腎結石向外移出進入到輸尿管內，則會出現典型的腎絞痛，患者會表現為肋脊角和腰部刀割樣劇烈的疼痛，患者非常痛苦，出現大汗淋漓、輾轉反側。此外，患者還會出現放射樣疼痛，疼痛向下腹部雙側腹股溝區或者股內側放射，男性可向陰莖和陰囊放射，女性可向陰唇放射，疼痛同時伴有血尿。這是由于結石在活動的過程中，引起尿路黏膜上皮的損傷，進而產生血尿。同時疼痛可以伴有惡心、嘔吐等癥狀，因為輸尿管的神經支配和腸道的神經支配有共同的來源，輸尿管的痙攣可以引起胃腸道的反射，從而產生惡心、嘔吐的癥狀。另外，患者還會存在感染癥狀，往往是由于結石形成積水，積水合并感染，嚴重的時候可以出現膿毒血癥。結石的梗阻同樣也可以引起急性，或者慢性腎功能問題。