現在常規使用1.3m長度的腸鏡，比胃鏡相對較粗，直徑約為1.2-1.3cm。但較為柔軟、有光源和觀察的屏幕。醫生檢查時左手控制方向，右手控制腸鏡進入。腸道不是直線的，它有幾個彎包括乙狀結腸彎曲、脾曲、肝曲。所以醫生必須通過一些特殊技巧，通過幾個彎曲到達回盲部。醫生是邊進入邊觀察，重點是在退鏡時可能觀察更為仔細。所以醫生腸鏡檢查時進和退的過程中都需要觀察。如果發現病變，需要進行活檢或者治療，會暫時停下，通過助手、通過特殊器械進行活檢或者治療。