腸鏡檢查在門診開具以后，要求患者服用一定量的瀉藥，包括甘露醇或磷酸鈉鹽等瀉藥，排空腸道。要求腸道排出的糞便呈水樣，清亮，無糞渣。進入醫院后，護士會要求患者穿上帶洞的褲子，到檢查床上，要求患者從左側臥位暴露肛門口。同時，醫生會使用腸鏡從患者肛門進入，插入一根管樣的帶有鏡頭的鏡子觀察，在操作過程中可能會存在不舒服感，特別是腸鏡拐彎時，可能會產生疼痛，甚至有可能會出現絞痛。注氣后可能會有腹脹的感覺，疼痛隨著鏡子的操作過程，鏡身拉直后會逐漸緩解，通常疼痛可能會存在4-5次。 待檢查過程中，患者可能會出現腹脹癥狀，或有排便感，主要是鏡身在腸道內引起的反應。腸鏡檢查過程大概要持續10分鐘，會根據每個人的腸道準備情況，及腸道內是否存在病變決定時間。建議盡量忍受，保持舒適狀態，轉移注意力，可能操作過程會更舒適。