寶寶腦發育不良的原因不同，針對性的治療方法也會不同，具體如下：1、染色體發育異常：這種情況引起的腦發育不良，目前尚無特效的治療方法，通常需要后期進行功能性訓練，從而改善功能狀態；2、出生缺血、缺氧：這種情況也可能造成腦發育損傷，早期可以適當應用保護腦神經的藥物，同時給予高壓氧艙或其它吸氧治療；3、疾病因素：例如苯丙酮尿癥或甲狀腺功能低下等，發現以后需要及時進行干預，例如患有苯丙酮尿癥的寶寶，可以適當給予低苯丙氨酸飲食或藥物治療，腦發育不良會得到部分改善。如果出現甲狀腺功能低下，可以早期服用甲狀腺素片，對于腦功能會有明顯的改善作用。