罹患基底動脈供血不足，患者選擇用藥上，常用的就是降低血液黏稠度以擴張腦血管，改善腦部微循環、營養代謝的藥物，如丁苯酞和神經保護劑的藥物。同時還要根據患者自身的基礎病，進行針對性的用藥，可以酌情使用氯吡格雷等抗血小板聚集的藥物。有高血壓疾病的患者需要服用降壓藥物控制血壓；有糖尿病的患者需要用胰島素、二甲雙胍、格列脲類的藥物來控制血糖，預防糖尿病導致的血管病變；高血脂患者需要應用他汀類藥物來控制血脂，如阿托伐他汀、瑞舒伐他汀。如果有偏頭痛、眩暈的患者可以使用鹽酸氟桂利嗪膠囊等進行治療；也可以根據中醫的辨證分析對因治療，選擇一些中藥制劑，如銀杏葉提取物、疏血通、血塞通、曲克蘆丁等。