取卵手術會疼，也會與病人對疼痛的敏感性、卵巢的大小、卵巢的位置等因素有關。現在有中心做取卵手術時進行全麻，在全麻下取卵，病人基本不知道，可能睡覺醒后手術已經完成。也有中心可能是用鎮痛的藥物，用鎮痛的藥物以后，對疼痛的敏感性會降低，也會減少疼痛。疼痛最主要是在陰道沖洗或者擦洗時產生，取卵前陰道要消毒、清潔。部分病人對陰道使用窺器擴張這種撐著的感覺，覺得不適應，覺得很疼，尤其是陰道比較緊的病人，可能會覺得疼痛得厲害。取卵時需要用針穿刺進入卵巢內，把卵吸出，內臟的器官對疼痛有一個特點，對針刺或刀割沒有感覺，有感覺的是牽拉的疼痛。如果卵巢的位置比較高或者卵巢活動較厲害，牽拉的感覺會很疼，如果只是針扎進去，并沒有很大的疼痛的感覺。此外，疼痛也與卵巢的卵泡的數量有關，部分病人卵泡較少，扎幾次就做完了，疼痛較輕。卵巢的位置如果很低，挨著后穹窿，穿過穹窿壁直接進入卵巢會好得多，部分病人卵巢的位置較高，粘在子宮上方，甚至需要穿過子宮壁，這種疼痛會比較厲害。