嬰兒真菌感染時，用藥情況與真菌種類及感染部位密切相關。通常嬰兒感染的真菌可分為念珠菌、曲霉菌、隱球菌等，感染部位又可分為口腔黏膜、肺部、顱內的真菌感染。嬰兒最常見的真菌感染為口腔黏膜感染，通常屬于念珠菌感染，因為淺層部位感染以念珠菌感染多見。這時建議將制霉菌素和甘油混在一起涂局部口腔，通常經過3-4天感染就可明顯好轉。此外還有深部感染，如嬰兒肺部真菌感染，這時需要靜脈輸液用藥，如氟康唑、伏立康唑以及卡泊芬凈等。