真菌分為曲霉菌與念珠菌兩種，在曲霉菌和念珠菌的感染中，目前有幾類代表性的藥物，如曲霉菌的感染，可以用三唑類的伏立康唑、伊曲康唑、泊沙康唑等藥物。念珠菌感染主要用氟康唑，棘白霉素類的藥物，如卡泊芬凈，主要針對念珠菌，對曲酶菌也有效。曲霉菌與念珠菌，主要用于系統性的侵襲性真菌感染的用藥。對于淺表真菌感染，如鵝口瘡、食道念珠菌感染，可以用制霉菌素漱口或溶于水后口服，以治療淺表真菌感染，但是不能吸收，不能治療深部真菌感染。