肛瘺表現為肛門旁出現瘺口，肛門內出現內口，且內外瘺口相通，皮下或者深層組織中存在瘺管，大便或者腸道內容物等稀薄內容物會通過內口從外口流出。肛瘺的臨床表現是肛門旁的外口出現反復破潰、流膿、流血，患者出現輕微不適感。有時肛瘺會出現靜息期，即患者沒有明顯不適感。有時肛瘺會出現急性炎癥改變，即肛門內出現炎癥反應，形成膿腫，患者會出現墜脹感、疼痛感等。膿腫達到一定程度后外口會破潰，膿液從外口流出，患者的不適癥狀會明顯緩解，大部分膿液流出后瘺口可能會封閉。此外部分患者的瘺口會每天流膿，即每天都會有少量分泌物從瘺口流出。肛瘺是肛門旁的與肛門密切相關的慢性炎癥性疾病，多數患者肛瘺前都會出現肛門膿腫，肛門膿腫是與肛門相關的急性炎癥，即肛門旁出現紅、腫、痛，形成膿腫，破潰后膿液流出，肛門膿腫會變為慢性炎癥性疾病，即演變為肛瘺?？傊丿浖锤亻T旁出現瘺口，會出現反復流膿、流血等。還有少見肛瘺，即肛門旁沒有外口，僅肛門內有口，肛門內口會反復流膿，患者沒有發現流膿，但是經常感覺肛門不舒服，也是肛瘺的表現。