肛瘺手術方式有肛瘺切開、肛瘺切除、肛瘺掛線治療及其它方法。不同病情、不同手術方式，術后疼痛不一樣。單純肛瘺切開或肛瘺切除，因為是低位肛瘺，術后疼痛程度較輕，無需特殊治療，只需通過坐浴或口服止痛藥物即可。 對于復雜性肛瘺應掛線治療，掛線治療會對肛門括約肌造成牽拉，慢性切割會造成疼痛，部分復雜性肛瘺手術掛線后需剪線，會造成相應疼痛。此外，肛瘺術后排便或換藥物時對創面刺激也會引起疼痛，疼痛程度主要取決于病變嚴重復雜程度，病變波及范圍大小，手術創面的多少、大小，和采取治療方法、患者對疼痛耐受程度。 臨床上可通過采用不同方法來減輕術后疼痛。手術時可用長效麻藥物封閉肛周神經，使肛區神經敏感度下降。排便之后進行局部清洗以后溫水坐浴，創面使用物理鎮痛技術，全身或創面運用鎮痛藥物均可不同程度減輕疼痛，減輕患者疼痛感。