腎結石手術肯定有風險，任何手術，無論手術大小都會存在一定手術風險，即手術并發癥，不同的手術方式手術風險不同，具體如下：1、輸尿管結石：做輸尿管鏡手術時相對手術風險小，但也存在一定手術并發癥的可能，如引起輸尿管黏膜的損傷、劃傷、挫傷，甚至輸尿管穿孔，嚴重的可能會出現輸尿管撕脫等，輸尿管結石的輸尿管鏡手術可能還會引起逆行性感染或嚴重的全身性感染；2、腎結石：如果進行經皮腎鏡手術，除了會出現嚴重感染，還可能對腎臟帶來一定損傷，甚至引起嚴重的腎出血，若出血嚴重，需要切除一側腎臟。