腸鏡下取活檢的情況，主要如下：1、如果發現息肉，通常均需取活檢；2、如果發現局灶炎癥反應，存在黏膜粗糙也需活檢；3、如果還有特殊病變，如增生量的改變、黏膜的血管、腺管異常等。若到達回盲瓣時，即小腸和結腸交界處，表面有糜爛、充血、潰瘍等要活檢。若進入到小腸末端即回腸末端時，出現淋巴濾泡的增生、炎癥反應、潰瘍白苔等也會取活檢；4、腸道病變，既往有結腸病病史患者，如潰瘍性結腸炎、克羅恩病、偽膜性腸炎等也會活檢。有腸病、便血者，在腸道內只看到部分糜爛，無明確的占位性病變時，會按部位取活檢確診有無缺血性腸病，若在顯微鏡下能看到黏膜小血栓，可進一步診斷。