新型冠狀病毒肺炎疫情期間，進行核酸檢測的咽拭子采集部位是在咽喉部，在咽喉的左側或者右側咽峽部黏膜取樣即可。在進行這種檢查之前，通常要求受試者在不必要的情況下避免服用抗生素或者使用漱口水漱口，或者用口氣清新劑以及含片等。部分患者可能存在口臭，或者口腔存在異味，可能會應用口氣清新劑、含片等，在常規情況下，醫生不建議患者使用，容易使咽部的細菌受到抑制，使檢查結果不準確。患者進行檢查時，只需要張嘴，采集人員將咽拭子棉簽在咽部兩側進行采集，大概1-2秒即可。一般不會引起明顯的惡心、嘔吐等癥狀。患者如果較為緊張，出現亂動的情況，越容易引起咽部黏膜損傷。進行檢查之后，護士將咽拭子放入試管中即可。如果不是新型冠狀病毒肺炎核酸檢測，患者由于扁桃體炎或者是扁桃體周圍膿腫進行咽拭子檢測，只需將棉簽對咽部炎癥比較明顯的部位進行取樣即可。