新型冠狀病毒最主要的靶器官損害的部位是肺。當新型冠狀病毒通過呼吸道進到人體的肺之后，被感染機體會調動機體免疫系統對感染細胞進行殺滅。免疫系統會使白細胞聚集對感染細胞進行殺滅，同時會使組織液中的巨噬細胞增多，使得血液成分進入到組織液當中。肺組織間隙有很多水分和細胞，所以炎癥感染后雙側肺實變變白，肺功能減低甚至無功能。 肺有通氣功能、彌散功能，主要是換氣功能。感染后主要的表現是干咳，嚴重者則表現為呼吸困難、血氧飽和度有下降趨勢。而咽痛是上呼吸道表現為普通感冒引起上呼吸道感染，比如咽痛、咽、咽部腫脹，所以這兩種表現并不一致。