臨床有經驗的肛腸科醫生較重視對肛裂患者的檢查，其檢查方法先采取望診，即輕輕扒開肛門，如果可看到急性肛裂或陳舊性肛裂，要輕輕地放回去。如果感覺能夠確診肛裂可進行嘗試性指診，即先輕柔在肛門周圍進行按摩，讓患者接受，然后在充分的石蠟油潤滑后再慢慢進入肛門。如果患者感覺疼痛難忍，則停止指診。如果患者能夠慢慢接受指診，再進行肛門鏡檢查，或者三維彩超檢查。如果患者不能接受指診，肛門鏡檢查、三維彩超檢查亦不建議進行。 如果因有肛裂，擔心伴有其它機化需要進行指診，也可以先塞雙氯芬酸鈉栓或噴灑利多卡因噴霧，即在進行預防鎮痛處理之后再行檢查。