絕大多數情況下，附睪炎并不嚴重，經過有效抗感染治療都可以得到控制。但有一部分附睪炎，如果治療不及時或治療不正確，可能導致疾病的加重或遷延不愈，而出現并發癥，比如急性附睪睪丸炎如果感染控制不及時，使疾病進展出現睪丸膿腫或睪丸梗死。此種情況發生后膿腫需要及時切開引流，而部分患者膿腫加重或急性梗死可能需要進行睪丸切除手術，但睪丸切除時需要慎重。對于慢性的附睪炎，如果病變遷延不愈會造成附睪和睪丸組織的損傷，可能會影響到兩方面，一方面是男性的生育問題，可能造成不育。另一方面會造成激素問題，出現性功能的異常。如果疾病遷延不愈成為慢性疾病，會出現慢性的疼痛過程，對患者的日常生活造成影響，影響生活質量。因此附睪炎發生以后，需要及時治療，主要是抗感染治療，需要足劑量、足療程應用抗菌素。