嬰幼兒麻醉的副作用是全麻的副作用，嬰幼兒有可能因為手術結束之后藥物過敏性因素，在整個圍術期過敏的可能性更高。還可能會影響血流動力學，血壓、心率可能會變化，變化幅度可能會超過正常值。在蘇醒過程中，有些嬰兒消退比較慢，消退時間可能會延長。這時會給患兒相關刺激、用藥、監護，監護程度可能比正常成年人更高。 嬰幼兒不配合手術，所以基本上都是全身麻醉。這時會根據嬰幼兒情況來選用對肝腎功能代謝最小的藥物、消退最快的藥物、影響最小的藥物。這些藥物基本上只要維持手術過程即可，保持在手術過程中嬰幼兒沒有不適、疼痛，又能維持手術順利進行，在手術結束之后消退的更好、舒適度更高。在嬰幼兒的麻醉藥物選擇中，要求更為精準，而且要完全貼合嬰幼兒的實際情況來進行藥物配比，甚至在輸液體的過程中也是精確計算，嬰幼兒的精準麻醉要求更高。