卵巢囊腫通常不會引起月經不調，但對于有分泌雌激素或其他激素作用的卵巢囊腫，或多囊卵巢綜合征可能會引起月經不調。卵巢囊腫包括很多種，有漿液性囊腫、黏液腺囊腫、巧克力囊腫、子宮內膜異位囊腫以及畸胎瘤等，有良性還有惡性，多數情況下并不會影響月經。但對于性索間質細胞的卵巢腫瘤，如顆粒細胞瘤、卵泡膜細胞瘤，由于可能分泌雌激素，因此會引起子宮內膜增生以及脫落，便會導致月經異常。上述兩種腫瘤通常發生在絕經后，患者的主要表現是絕經后出血，以及抽血發現雌激素升高、B超發現卵巢腫物等。另外，還有一種特殊疾病是多囊卵巢綜合征，雖然其嚴格意義上并不算卵巢囊腫，但由于可以表現為卵巢有超過12個直徑＜1cm的卵泡，且所有卵泡都在發育，但是沒有一個發育成熟，所以這種疾病也會表現為月經不調。