CT能夠查出一部分癌癥的病變，但確診還要通過病理學的檢查。癌癥是所有惡性腫瘤的統稱，包含了起源于上皮組織的癌，起源于間葉組織的肉瘤，起源于淋巴造血組織的白血病、惡性淋巴瘤、多發性骨髓瘤，起源于神經組織的惡性神經鞘瘤、神經母細胞瘤等多種的癌癥類型。癌癥包括實體瘤和血液系統腫瘤，實體瘤大多數可以通過CT而被檢查出來，但并不是全部的癌癥都能夠被CT檢查出來，比如肺癌、胰腺癌、肝癌、腦部的惡性腫瘤，都可以通過CT發現可疑的癌癥的病灶。而在發現可疑癌癥病灶之后，一般可以通過穿刺活檢或者手術的方式，來獲得病灶的組織，最終通過病理學檢查來明確是不是癌癥。但CT檢查也不是萬能的，對于空腔臟器發生的癌癥，比如胃癌、腸癌等，常常難以通過CT檢查發現早期的病變。這些空腔臟器的癌癥，一般要通過做胃鏡、腸鏡的檢查才能夠發現，但最終的確診也要依靠病理學的檢查結果。