核磁共振機器非常先進，能做很多部位檢查，如顱腦病變、頸椎病，都可通過核磁共振獲得信息。核磁共振檢查不但可以看出顱腦或者頸椎椎間盤有沒有病變，還可以看到有沒有骨質增生、有沒有伴有血管受壓等。另外，核磁共振還可看到椎管內脊髓有沒有病變，以及是不是伴有脊髓空洞、脊髓炎、脊髓變性以及脊髓腫瘤等。所以神經系統病變，顱腦、頸椎、腰椎檢查，都要用到核磁共振。 顱腦里通常會發現缺血病變，早期缺血CT做不到定性、定量診斷，核磁共振檢查一次檢查可以明確有沒有急性腦梗塞，特別是超急性期腦梗塞，核磁檢查最有優勢。核磁共振檢查第二個優勢是看關節病變，如有沒有半月板撕裂、半月板損傷、有沒有韌帶損傷，這些檢查CT替代不了，必須用核磁共振檢查。對部分子宮內膜病變、前列腺病變，CT不如核磁共振檢查，一般也首選核磁共振。