臨床對于急性的腦血管疾病，比如腦室出血，蛛網膜下腔出血等，可以進行腰穿檢查。另外對于顱腦的感染性疾病，如病毒性腦炎、腦膜炎或者是其他的病原體、中樞感染性疾病等，也可以進行腰穿的檢查。對于懷疑有脫髓鞘疾病，比如格林-巴利綜合征，也需要進行腰穿的檢查。另外，腦積水患者會通過腰穿來測定腦脊液的壓力，可以判斷腦積水的類型。臨床上做腰穿的目的，一般有以下幾個方面：1、腰穿采取腦脊液進行化驗，用于診斷疾病；2、了解顱內壓增高的情況，或者了解顱內壓高低的情況；3、腦脊液力學檢查；4、脊髓和氣腦造影，主要用于治療、引流血性腦脊液，放出腦脊液，降低顱內壓，也可以鞘內注射一些藥物來治療一些炎癥或腫瘤。