阿昔洛韋作為一種抗病毒藥物，能被病毒的胸腺嘧啶核苷激酶選擇性的磷酸化，從而轉化為單磷酸酯，后者受細胞酶的作用再轉化為二磷酸酯和三磷酸酯。阿昔洛韋的三磷酸酯可干擾DNA的聚合酶，特別是能干擾皰疹病毒的DNA酶，從而抑制病毒DNA的復制。其實白天和晚上都可以用，只不過白天使用療效比較好。因為白天人的血液循環比晚上更快，阿昔洛韋的藥物有效成分通過血液循環快速達到患處，從而達到比較好的效果。 其次白天使用也是出于安全考慮。阿昔洛韋軟膏是外用藥，治療嘴角水皰疹的時候比較不方便，在晚上使用可能會無意識的舔到，對人體有一定的危害。所以阿昔洛韋軟膏一般建議白天使用。