甲狀腺位于下頸部喉結，甲狀軟骨下方，氣管前方，所以正常掃描時應將甲狀腺全部包括在內。因甲狀腺位置可變異，可在頸部甲狀軟骨下方，可向下到胸腔里，有時可移位到其它部位，從舌根到縱隔，甚至到腹部。此時需有經驗的臨床醫生認真檢查頸部能否摸到甲狀腺，需影像科醫生檢查甲狀腺部位有無甲狀腺。 故醫生在其它部位看到類似甲狀腺組織的器官，需考慮異位甲狀腺。如果患者沒有甲狀腺，預示病人需長期服用甲狀腺素片，以防止萎靡不振。