血液濾過和血液透析作用原理不同，血液透析是經彌散作用清除小分子毒素，如血液和透析液經過半透膜介入，血液內側毒素濃度較高，接觸過程中毒素從濃度高的血液一側向濃度低的一側彌散流動，清除小分子毒素。而血液濾過通過強行拉水，將溶解在水中的毒素一起拉出去，所以兩種治療的作用原理不同。 其次，血液濾過和血液透析所用濾過膜孔徑不同。血液透析孔徑相對較小，血液濾過膜孔徑相對較大，所以血液透析濾過小分子毒素，而血液濾過可以將中分子毒素清除出去。兩者之間價格不同，血液濾過價格較昂貴，而血液透析價格相對便宜。血液濾過需要置換液，因為強行拉水后脫水較多，所以要補充水分以及有用物質。 目前，血液透析和血液濾過同時做，稱為血液透析濾過，既可以清除中分子物質，也可以清除小分子物質。