甲狀腺功能亢進癥最嚴重的后果是甲狀腺危象，也稱為甲亢危象，通常是甲狀腺毒癥，病情較為嚴重，而且會出現一種危及生命的甲狀腺功能亢進癥并發癥。此病發生率不是很高，也不是很常見，但病死率比較高，通常是在甲狀腺功能亢進癥的病情沒有控制的情況下，在應激狀態、感染狀態，或者是不適當停用抗甲狀腺藥物的情況下出現。甲狀腺危象的臨床表現有體溫增高、循環系統異常，患者會出現心動過速、心力衰竭、心臟擴大，另外還有神經系統異常，出現煩躁、譫妄。以及消化系統異常，出現腹瀉，嚴重惡心、嘔吐、不能進食等情況。此病由于是急危重癥，需要行搶救治療。除此之外，甲狀腺功能亢進癥比較嚴重的并發癥還有甲狀腺的心臟病，也就是甲狀腺功能亢進性心臟病，主要表現為心臟擴大，出現擴張型心肌病、心力衰竭等，同樣可以出現心律失常，也會給患者帶來嚴重的后果。