肌張力障礙自愈的可能性非常小，患有肌張力障礙大多數患者需要馬上治療。首先要查找肌張力障礙的病因，對于診斷為繼發性肌張力障礙的患者，即有明確病因，便要對因治療，如多巴反應性肌張力障礙，因為基因突變，導致體內左旋多巴合成障礙，口服美多芭有戲劇性變化。而外傷、感染、腫瘤等，這種基底節區損傷，雖然有明確病因但是沒有特效方法，可以考慮對癥治療，以物理治療為主，如按摩、針灸、理療等康復，也可以使用肌松類藥物來進行治療。 對于兒童和青少年患者，常以階段性或全身性肌張力障礙為主。口服藥物為主要治療方法，可以先試用左旋多巴或抗膽堿能藥物或巴氯芬等。對于藥物治療無效的患者，在嚴格評估的情況下，可以選擇腦起搏器治療。對于成年起病的患者，其病灶多是局灶性，肉毒桿菌毒素局部注射是首選方法，抗膽堿能藥物可以作為輔助治療，對于肉毒素治療和藥物治療無效的患者，可以考慮周圍神經離斷或腦起搏器治療。