任何手術包括良性腫瘤、惡性腫瘤手術，都存在一定復發率。復發與較多因素有關，如腫塊性質，腫塊位置等。甲狀舌骨囊腫長在頸部，有根瘺管通過舌骨長向深部。理論上手術時要盡可能多的切除瘺管，但臨床要做到完整切除比較困難。因為部分瘺管比較深，需要通過囊腫完整切除加舌骨中段切除，方可將復發率降低到1%-2%。如果切除過多的瘺管，可能會加重咽喉部損傷，得不償失。 所以，甲狀舌骨囊腫手術的復發率并不高，但前提為除切除囊腫外，必須切除舌骨中段、確切結扎瘺管。此時可以認為將復發率控制在醫學可以接受的范圍內。部分醫院手術只切除囊腫保留舌骨，此時復發率偏高，甚至可以達到20%-30%。若出現復發，則需要進行第二次手術切除舌骨。