甲狀舌骨囊腫手術疤痕通常為5-6cm，橫行于頸部。切口位于下腭與頸部間交叉的部位，通常患兒做手術后，如果處于低頭狀態，對面的人不會發現手術痕跡。除非采取仰頭姿勢觀察或患兒自己將頭仰起，方可見疤痕。 如果甲狀舌骨囊腫患者手術前沒有感染，通常均可以做美容縫合。美容縫合即將線埋在皮膚下，手術后不需要拆線。如果患兒不是疤痕體質，切口相對比較美觀，位置相對比較隱蔽，復查時通常無法發現切口。