頭孢克肟可以治療尿道炎，但需根據其致病微生物來選擇。頭孢克肟主要應用于細菌性尿道炎的治療，尤其是淋菌性尿道炎，通常對于淋菌性尿道炎或細菌性尿道炎，推薦應用的抗生素包括頭孢曲松、頭孢克肟、左氧氟沙星、環比沙星等。一般治療時需早期發現、早期診斷，足療程、足劑量的應用，可迅速控制尿道炎癥狀。但部分尿道炎的病原微生物并不是細菌，而是其它病原微生物，如支原體 衣原體。如果是支原體、衣原體感染所導致的尿道炎，不推薦應用頭孢克肟，因為頭孢克肟沒有殺死支原體和衣原體的作用，此時應當選擇其它抗生素進行治療。目前對于支原體、衣原體所引起的非淋菌性尿道炎，通常推薦的藥物包括阿奇霉素、多西環素、左氧氟沙星等，來達到控制和改善癥狀的目的。