感染性中耳炎有多種病原體，不同病原體有不同的首選治療藥物。故中耳炎的治療首先應明確病因，再進行針對性治療。 細菌引起的急性中耳炎，首選藥物是大劑量的阿莫西林，如果存在青霉素的輕度過敏，可選擇口服頭孢菌素，如頭孢地尼、頭孢呋辛酯等。 病毒和細菌的混合感染亦很常見，病情較單純細菌感染者更為嚴重，治療反應也較差。某些肺炎支原體下呼吸道感染患者可合并中耳炎。 另外，6個月以下嬰兒急性中耳炎，也可能由一種叫做沙眼衣原體的病原體感染所導致。念珠菌屬和曲霉菌感染，可以見于免疫缺陷患者、慢性化膿性中耳炎患者。 病毒性上呼吸道感染可以合并輕度中耳炎表現，通常不需使用抗菌藥物。但如果中耳炎表現為急性起病的耳部疼痛、聽力下降、發熱、鼓膜充血，鼓膜穿孔伴黃色滲液，則應考慮是急性細菌性中耳炎，需要給予抗菌藥物進行治療。 頭孢克肟用于治療細菌性中耳炎時，保證足夠的療程，以達到減少復發的目的。當頭孢克肟所用劑量相同時，口服混懸液的血藥濃度較口服片劑高25%-50%，所以中耳炎宜選用混懸劑治療。